Kwantitatieve meting van het aantal kopieën van transposon met behulp van de Droplet Digital PCR
Die spontane Proliferation transponierbarer Elemente trägt zur genetischen Vielfalt auf verschiedenen Ebenen bei, wie z. B. somatischer Mosaikismus, genetische Divergenz in der Inhabitants und Genomentwicklung. Diese genetische Vielfalt ist für die Anpassung der Pflanzen an sich verändernde Umweltbedingungen von wesentlicher Bedeutung und dient als wertvolle Ressource für die Verbesserung der Kulturpflanzen. Daher ist es wichtig, die Variation der Kopienzahl transponierbarer Elemente mit Präzision und Effizienz zu messen, um das Ausmaß ihrer Verbreitung zu verstehen.
Die Droplet Digital PCR (ddPCR) ist eine genaue und empfindliche Technik, mit der die Variation der Kopienzahl eines Transposons gemessen werden kann. Kurz gesagt, genomische DNA wird extrahiert, verdaut und in Tausende von Tröpfchen im Nanoliter-Maßstab aufgeteilt. Die TaqMan-Echtzeit-PCR, gefolgt von der Endpunkt-Fluoreszenzdetektion, ermöglicht die quantitative Messung der Kopienzahl von Matrizen-DNAs. Hier in diesem Kapitel beschreiben wir die schrittweise Vorgehensweise von ddPCR am Beispiel des EVADE-Retrotransposons von Arabidopsis.
Vergelijking van Computertomografie (CT) bevindingen traf RT-PCR bij de Diagnose van COVID-19 bij kinderen
Ziel: Ziel dieser Studie battle es, die Ergebnisse der Thorax -Computertomographie (CT) mit den Testergebnissen der reversen Transkriptionspolymerasekettenreaktion (RT-PCR) bei Kindern mit wahrscheinlicher oder endgültiger Diagnose der Coronavirus-Krankheit 2019 (COVID-19) zu vergleichen.
Methoden: In diese retrospektive Archivstudie wurden pädiatrische Patienten eingeschlossen, die im Krankenhaus mit einer möglichen oder endgültigen Diagnose von COVID-19 nachuntersucht wurden und bei der Präsentation eine Brust-CT hatten. CT-Scan-Bilder der Patienten wurden von einem pädiatrischen Radiologen neu interpretiert und mit ihren RT-PCR-Testergebnissen verglichen.
Ergebnisse: Von den insgesamt 89 Patienten hatten 33 destructive und 56 constructive RT-PCR-Checks . Das Vorhandensein von Lungenläsionen und die Konsolidierung waren in der RT-PCR-negativen Gruppe statistisch signifikant höher als in der RT-PCR-positiven Gruppe (p = 0,037 bzw. 0,001). Die Lappenbeteiligung von 0% bis 25% battle in der RT-PCR-positiven Gruppe höher (p = 0,001), und die Lappenbeteiligung von 25% bis 50% und 50% bis 75% battle in der RT-PCR-negativen Gruppe signifikant höher (p = 0,001 bzw. 0,005). Die zentrale und perihiläre Beteiligung erwies sich in der RT-PCR-negativen Gruppe als statistisch signifikant (p = 0,008 bzw. 0,005).
Schlussfolgerung: Brust-CT-Befunde können einige Hinweise für die Vorhersage der RT-PCR- Positivität bei Kindern mit einer wahrscheinlichen Diagnose von COVID-19 liefern. Ein Prozentsatz der Lappenbeteiligung von bis zu 25% spricht für Patienten mit positivem RT-PCR- Check, während eine Lappenbeteiligung von 25% bis 75%, eine zentrale und perihiläre Beteiligung sowie eine Konsolidierung zugunsten von Patienten mit negativer RT-PCR interpretiert werden können Prüfung.
Het schatten van de Effectiviteit van routinematige asymptomatische PCR-Checks bij verschillende Häufigkeiten für den Nachweis von SARS-CoV-2-Infektionen
Hintergrund: Routinemäßige asymptomatische Checks mittels RT-PCR bei Personen, die mit gefährdeten Bevölkerungsgruppen interagieren, z. B. medizinisches Private in Krankenhäusern oder Pflegekräfte in Pflegeheimen, wurden eingesetzt, um Ausbrüche bei gefährdeten Bevölkerungsgruppen zu verhindern. Obwohl die Spitzenempfindlichkeit der RT-PCR hoch sein kann, variiert die Wahrscheinlichkeit des Nachweises einer Infektion im Verlauf einer Infektion. Die Wirksamkeit von routinemäßigen asymptomatischen Checks hängt daher von der Testhäufigkeit und den zeitlichen Schwankungen des PCR- Nachweises ab.
Methoden: Wir haben ein Bayes’sches statistisches Modell an einen Datensatz von zweimal wöchentlichen PCR-Checks von Mitarbeitern des britischen Gesundheitswesens angepasst , die unabhängig von den Symptomen mit einem selbst verabreichten Nasopharynxabstrich durchgeführt wurden. Wir haben gemeinsam die Infektionszeiten und die Wahrscheinlichkeit eines positiven PCR-Checks über die Zeit nach der Infektion geschätzt. Anschließend verglichen wir asymptomatische Teststrategien, indem wir die Wahrscheinlichkeit berechneten, dass eine symptomatische Infektion vor dem Auftreten der Symptome erkannt wird, und die Wahrscheinlichkeit, dass eine asymptomatische Infektion innerhalb von 7 Tagen nach der Infektion erkannt wird.
Ergebnisse: Wir schätzten, dass die Wahrscheinlichkeit, dass der PCR-Check eine Infektion feststellte, four Tage nach der Infektion einen Höchstwert von 77% (54-88%) erreichte und 10 Tage nach der Infektion auf 50% ( 38-65%) abnahm . Unsere Ergebnisse deuten auf eine wesentlich höhere Wahrscheinlichkeit hin, Infektionen 1-Three Tage nach der Infektion zu erkennen als zuvor veröffentlichte Schätzungen. Wir schätzten, dass Checks jeden zweiten Tag 57% (33-76%) der symptomatischen Fälle vor Beginn und 94% (75-99%) der asymptomatischen Fälle innerhalb von 7 Tagen erkennen würden, wenn die Testergebnisse innerhalb eines Tages zurückgegeben würden.
Schlussfolgerungen: Unsere Ergebnisse legen nahe, dass routinemäßige asymptomatische Checks die Erkennung eines hohen Anteils infizierter Personen zu Beginn ihrer Infektion ermöglichen können, vorausgesetzt, die Checks sind häufig und die Zeit vom Check bis zur Benachrichtigung der Ergebnisse ist ausreichend schnell.
Positieve COVID19-PCR-patiënten als Negatieve-Kontrollen für COVID19-Antilichaamtests
Serologische COVID-19-Antikörpertests werden kürzlich für eine relativ schnelle, erschwingliche und wertvolle Bewertung der Immunität gegen COVID-19-Infektionen benötigt . Darüber hinaus können sie bei der Bewertung der Angemessenheit des Impfprozesses und seiner Langlebigkeit helfen. Der derzeitige Ansatz zur Auswahl der positiven und negativen Kontrollproben für die Validierung dieser Checks unterliegt Einschränkungen. Hier schlagen wir die Verwendung von Blutproben von positiven COVID-19-Patienten vorzu Beginn des Krankheitsverlaufs als Negativkontrollblutproben für die Antikörpertests. Für mehr Präzision können sowohl die destructive als auch die constructive Kontrollprobe von denselben Patienten erhalten werden, wobei die Genauigkeit des Checks von seiner Fähigkeit abhängt, die Serokonversion vom negativen zum positiven Antikörpernachweis innerhalb desselben Patienten nachzuweisen.
Wenn die Validierung des Checks mit dem Nachweis / der Sequenzierung des Virusgenoms bei diesen COVID-19-Patienten einhergeht , kann dies auch dazu beitragen , die Genauigkeit des Checks beim Nachweis der Immunantwort auf bestimmte Virusvarianten zu bestimmen. Letzteres ist erforderlich, um die COVID-19-Krise richtig zu bewältigen, neue Impfstoffe herzustellen und die Effizienz der Impfstoffe zu bewerten. Schließlich könnte dieser Ansatz von den Aufsichtsbehörden im Rahmen der Validierung der Checks angefordert / formuliert und von den Gesundheitseinrichtungen vor ihrer klinischen Anwendung „intern“ bezogen werden.
Een systematische Überprüfung und Meta-Analyse van ontslagen COVID-19-patiënten die opnieuw positief testen op RT-PCR
Hintergrund: Mit der erhöhten Anzahl von Patienten , die nach der Behandlung mit COVID-19 entlassen wurden , haben immer mehr Studien Fälle gemeldet, deren erneuter Check während der Rekonvaleszenzphase positiv battle (RP), was die Welt vor eine neue Herausforderung für die öffentliche Gesundheit stellt.
Methoden: Wir haben vom 1. Dezember 2019 bis zum 31. Dezember 2020 nach PubMed, Net of Science, der Cochrane Library, CNKI, WanFang und VIP gesucht . Die eingeschlossenen Studien wurden unter Verwendung kritischer JBI-Bewertungsinstrumente und der Newcastle-Ottawa-Skala bewertet. Die RP-Charge von Entlassungspatienten wurde durch eine Metaanalyse analysiert. Wir haben uns an die PRISMA-Richtlinien für die Berichterstattung gehalten.
Ergebnisse: Wir haben 117 Studien mit 2669 RP-Teilnehmern nach der Entlassung eingeschlossen. Die methodische Qualität von 66 Fallberichten battle niedrig bis hoch, 42 Fallserien und Three Kohortenstudien waren moderat bis hoch, Three Fallkontrollstudien waren moderat und Three Querschnittsstudien waren niedrig bis moderat. Die klinischen Manifestationen der meisten RP-Patienten waren gentle oder asymptomatisch, und CT-Bildgebung und Laboruntersuchungen waren normalerweise regular. Die vorhandenen Risikofaktoren legen nahe, dass getrennten Patienten, älteren Patienten und Patienten mit Komorbiditäten mehr Aufmerksamkeit geschenkt werden sollte. Die zusammenfassende RP-Charge betrug 12,2% (95% CI 10,6-13,7) mit hoher Heterogenität ( I 2 = 85%).
Interpretation: Bisher sind die Ursachen und Risikofaktoren von RP bei entlassenen Patienten nicht vollständig verstanden. Um diese Probleme zu untersuchen, sind hochwertige ätiologische und klinische Studien erforderlich, um weitere Strategien zur Kontrolle und Verhinderung ihres Auftretens zu entwickeln.
