toepassingen van de PCR Einzelstrang-Konformations-Polymorphismus-Methode

Een snelle en gevoelige fluorescentiebiosensor op foundation van plasmonische PCR

Die plasmonische PCR unter Verwendung metallischer Nanopartikel hat im Vergleich zu kommerziellen Thermocycler-Geräten große Vorteile hinsichtlich Kosten, Größe und Verarbeitungszeit gezeigt . Aufgrund der starken Fluoreszenzlöschung erfordert die plasmonische PCR auf Foundation von Nanopartikeln jedoch zusätzliche Nachbearbeitungsschritte wie Zentrifugation und Gelelektrophorese. Dieser Prozess verlängert die Gesamtdiagnosezeit und gleicht die Vorteile eines schnellen Thermocyclings aus. Hier berichten wir über eine schnelle und empfindliche plasmonische photothermische PCR (PPT-PCR), die auf der In-situ-Endpunkt-Fluoreszenzdetektion basiert.

Durch die Verwendung von plasmonischen magnetischen bifunktionellen Nanopartikeln hat die PPT-PCR mit 30 Thermozyklen und Fluoreszenzdetektion nach magnetischer Trennung erfolgreich gezeigt, dass DNA-Ziele innerhalb von 5,5 Minuten nachgewiesen werden können. Die Nachweisgrenze (3,Three Kopien professional μl) ist vergleichbar mit der der herkömmlichen quantitativen Echtzeit-PCR; Die Testzeit ist jedoch für die PPT-PCR etwa 5,5-mal kürzer. Die Strategie, den photothermischen Effekt und die magnetische Trennung in einem einzigen Partikel zu kombinieren, eröffnet neue Horizonte bei der Entwicklung schneller und empfindlicher PCR-basierter Biosensoren für Level-of-Care-Exams.

Gevoeligheid en toepassingen van de PCR Einzelstrang-Konformations-Polymorphismus-Methode

Der PCR-Einzelstrang-Konformationspolymorphismus ist eine Methode zur Identifizierung und zum Nachweis von Mutationen und ist heute für seine zahlreichen Anwendungen bei Lebewesen bekannt. In diesem Artikel werden die experimentellen Particulars, Einschränkungen und die Empfindlichkeit der PCR-Einzelstrang- Konformationspolymorphismus-Methode in Bezug auf die gesamte uns bis heute zur Verfügung stehende Literatur erörtert. Genomische DNA-Extraktion, PCR-Amplifikation und Einzelstrang-Konformationspolymorphismus-Bedingungen (Konzentration der Polyacrylamid-Plattengelelektrophorese, Dissoziationsbehandlung von doppelsträngiger DNA) und Vergleich mit PCR- Restriktionsfragmentlängen-Polymorphismus werden vorgestellt.

Seit seiner Entdeckung im Jahr 1989 gab es viele Variationen, Innovationen und Modifikationen der Methode, die sie sehr einfach, sicher, schnell und aus diesem Grund in der klinischen Diagnostik, forensischen Medizin, biochemischen, veterinärmedizinischen, mikrobiologischen, Lebensmittel- und Lebensmittelindustrie weit verbreitet macht Umweltlabors. Eine der möglichen Anwendungen der Methode ist die Diagnose und Identifizierung von Mutationen in neuen Coronavirusstämmen, da die Wissenschaft mehr Werkzeuge benötigt, um das Drawback dieser Pandemie anzugehen. Das PCR-Einzelstrang-Konformationspolymorphismus-Verfahren kann in vielen Fällen angewendet werden, vorausgesetzt, dass Kontrollproben verfügbar sind und die erforderlichen Bedingungen des Verfahrens erreicht werden.

Beheer van pediatrische niet-pathogene bloedculturen na Einführung in die PCR-Technologie

Hintergrund:  Die schnelle Identifizierung von Organismen, über die in positiven Blutkulturen mittels Polymerasekettenreaktion (PCR) berichtet wurde, kann ein nicht pathogenes Bakterium genau identifizieren und die Zeit bis zur endgültigen Identifizierung im Vergleich zu herkömmlichen mikrobiologischen Methoden verkürzen. Wie sich diese Technologie auf das klinische und antimikrobielle Administration bei Kindern mit nicht pathogenen Bakterien auswirkt, die in einer Blutkultur ohne Entscheidungsunterstützung identifiziert wurden, wurde nicht untersucht.

Methoden:  Eine retrospektive Studie zum Administration von Kindern mit positiven Blutkulturergebnissen für nicht pathogene Organismen vor und nach der Implementierung der PCR-Technologie. Das Antibiotika-Administration jeder Kohorte, die Häufigkeit von Wiederholungskulturen und die Rückbesuche in einer Notaufnahme (ED) wurden verglichen.

Ergebnisse:  Insgesamt 136 Patienten während dieser Zeit (49% [ n  = 67] vor der PCR und 51% [ n  = 69] nach der PCR) hatten eine Blutkultur, die positiv für nicht pathogenes Bakterium battle. Bei den aufgenommenen Patienten wurde seltener eine zweite Probe zum Testen geschickt ( P  = 0,04); Die gesamte Antibiotika-Exposition unterschied sich jedoch  nach Einführung der PCR-Technologie nicht signifikant ( P = 0,3). Es gab keinen signifikanten Unterschied in der Aufenthaltsdauer nach der Intervention ( P  = 0,12). Patienten, die direkt aus der ED entlassen wurden, hatten weniger Rückbesuche ( P  = 0,02) und erhielten weniger wiederholte Blutkulturen ( P. = 0,04), und Antibiotika wurden  seltener nach Rückkehr ( P = 0,04) nach Einführung der PCR-Technologie verabreicht.

Schlussfolgerungen:  Mit der zusätzlichen PCR-Technologie erhielten Patienten mit Blutkulturen, die positiv für nicht pathogene Bakterien waren, weniger Antibiotika, weniger wiederholte Blutkulturen und weniger wiederholte ED-Bewertungen.

Een nieuwe methode om binaire CRISPR-vectoren te construeren voor plantentransformatie Tür een enkele ronde van PCR-Amplifikatie

CRISPR / Cas9 ist ein etabliertes und flexibles Instrument für die Bearbeitung des Genoms. Die meisten Methoden zur Erzeugung von Expressionsklonen für CRISPR / Cas9 sind jedoch zeitaufwändig . Daher haben wir ein einstufiges Protokoll entwickelt, um sgRNA-Expressionskassetten direkt in binäre Vektoren einzuführen (Liu  et al. , 2020). Bei diesem Ansatz haben wir die Multiplex-PCR so optimiert, dass in einer einzigen Reaktion ein überlappendes PCR-Produkt erzeugt wird , um die sgRNA- Expressionskassette zu erzeugen .

Wir amplifizierten auch zwei sgRNA-Expressionskassetten durch eine einzelne PCR-Runde. Dann wird die sgRNA-Expressionskassette (n) in einer Gateway LR- oder Golden Gate-Reaktion in die binären Vektoren kloniert. Das hier beschriebene System bietet ein viel effizienteres und einfacheres Verfahren zur Konstruktion von Expressionsklonen für die CRISPR / Cas9-vermittelte Genombearbeitung. In diesem Protokoll beschreiben wir die detaillierten Schritt-für-Schritt-Anweisungen zur Verwendung dieses Methods.

Detectie en kwantificering van EGFR  T790M-Mutatie in der vloeibare Biopsieën Door Middel Van  Digital Druppel PCR

Hintergrund: Die  Flüssigkeitsbiopsie ermöglicht die minimal zielgerichtete Identifizierung zielgerichteter Krebsmutationen . Bei Patienten mit fortgeschrittenem nicht-kleinzelligem Lungenkrebs (NSCLC) wird die digitale Tröpfchen-PCR (ddPCR) zunehmend verwendet, um das EGFR- Gen (Epidermal Development Issue Rezeptor ) in zirkulierender zellfreier DNA (cfDNA) zu genotypisieren . Die Sensitivität dieser Methode wird jedoch noch diskutiert. Ziel dieser Studie battle es, die Leistung eines ddPCR- Assays zum Nachweis der  EGFR  T790M-Mutation in flüssigen Biopsien zu implementieren und zu bewerten .

Methoden:  Ein ddPCR-Assay wurde optimiert, um die EGFR  T790M- Mutation in Plasmaproben von 77 Patienten mit NSCLC in Development nachzuweisen  .

Ergebnisse:  Unser ddPCR-Assay ermöglichte den Nachweis und die Quantifizierung der  EGFR  T790M- Mutation bei einer cfDNA-Allelfrequenz von nur 0,5%. Die Mutation wurde in 40 Plasmaproben nachgewiesen, was einer Positivitätsrate von 52% entspricht. Die Anzahl der mutierten Moleküle professional ml Plasma lag im Bereich von 1 bis 6.000. Eine erneute Biopsie wurde für 12 Patienten analysiert, die einen negativen Plasmatest hatten, und die Mutation wurde in 2 Fällen festgestellt. Eine zweite Flüssigkeitsbiopsie wurde für 6 Patienten durchgeführt und die Mutation wurde in Three Fällen festgestellt.

Schlussfolgerungen:  Diese Studie hebt den Wert von ddPCR zum Nachweis und zur Quantifizierung der  EGFR  T790M-Mutation in flüssigen Biopsien in einer realen klinischen Umgebung hervor. Unsere Ergebnisse legen nahe, dass wiederholte ddPCR-Exams in cfDNA eine erneute Gewebebiopsie bei Patienten verhindern können, die keine für die molekulare Analyse geeignete Tumorgewebeprobe bereitstellen können.

Comorbiditeit en leeftijd wurde im Verband getroffen aanhoudende COVID-19 PCR-Positivität getroffen

Ziele:  Der Einfluss von Demografie und Komorbiditäten auf die Dauer der PCR-Positivität des COVID-19- Nasopharynxabstrichs bleibt unklar. Ziel unserer Analyse ist es, den Einfluss von Alter, Aufnahme auf der Intensivstation (ICU), Komorbiditäten und ethnischer Zugehörigkeit auf die Dauer der COVID-19-PCR-Positivität bei Krankenhauspatienten in einer großen Gruppe von Krankenhäusern zu bestimmen .

Methode:  Wir untersuchten 530 Patienten aus einem großen Krankenhaussystem und die Zeit bis zur Negativität der SARS-CoV-2- Virus-RNA-PCR zu jedem Zeitpunkt während des Krankenhausaufenthaltes oder nach der Entlassung aus dem Krankenhaus battle der primäre Endpunkt. Wir haben Patienten ab 18 Jahren eingeschlossen, die während eines stationären, ambulanten oder Notfallbesuchs zwischen dem 1. Februar 2020 und dem 14. April 2020 positiv auf COVID-19 getestet wurden .

Ergebnisse:  Insgesamt hatten 315 (59,4%) unserer Patientenpopulation Four Wochen nach dem ersten positiven Check weiterhin eine constructive SARS-CoV-2-Virus-RNA-PCR. Wir fanden heraus, dass Alter> 70 Jahre, chronische Nierenerkrankungen, Bluthochdruck, Hyperlipidämie, Fettleibigkeit oder Erkrankungen der Herzkranzgefäße nach der Erstdiagnose länger als Four Wochen mit einer anhaltenden PCR-Positivität verbunden sind.

Schlussfolgerung:  Bei der Interpretation eines positiven COVID-PCR-Exams sollten das Alter und das Vorhandensein von Komorbiditäten berücksichtigt werden.